Saatlı məscidi Şuşa şəhərinin qədim memarlıq və dini abidələrindən biri hesab olunur. Məscid eyni adlı məhəllədə yerləşir. 14 yanvar 2021-ci ildə Azərbaycan Prezidenti İlham Əliyevin Şuşaya səfəri zamanı Saatlı məscidini ziyarət etmişdir və ona Məkkə şəhərindən gətirilmiş Quranı hədiyyə etmişdir.

Şuşadakı Saatlı məscidi öz adını azərbaycanlı şair, dövlət xadimi və Qarabağ xanı İbrahim Xəlil xanın vəziri Molla Pənah Vaqifin əsasını qoyduğu azərbaycanlı Saatlı nəslindən olan 17 ailənin nümayəndələri ilə birlikdə burada məskunlaşdığı məhəllənin özündən almışdır.
[K. M. Məmmədzadə. N.A. Sarkisov. Şuşa – Vaqifin məqbərəsi. 1986-cı il, səh. 18]
[Ç.Qacar. Köhnə Şuşa. 2007-ci il, səh. 96]

Saatlı məscidi 1883-cü ildə Azərbaycan memarı Kərbəlayi Səfi xan Qarabaği tərəfindən köhnə məscidin yerində inşa edilmişdir. Köhnə məscidin inşa edilmə tarixi 1759-cu il hesab olunur. Azərbaycan alimi Çingiz Qacara görə, o, Qarabağlı Pənah Əli xan tərəfindən inşa edilmişdir.

Məscidin girişindəki lövhədə aşağıdakı yazı həkk olunmuşdur:

“Mərhəmətli və ədalətli,.. Allahın adı ilə.

Allaha, qiyamət gününə və Məhəmməd, Əliyə, Fatiməyə, Həsənə, Hüseynə inam ilə.

Memar Kərbəlayi Qarabaği 1301-ci il Hicri”. (1883)”.
[Ç.Qacar. Köhnə Şuşa. 2007-ci il, səh. 127]
[K. M. Məmmədzadə. N.A. Sarkisov. Şuşa – Vaqifin məqbərəsi. 1986-cı il, səh. 18-19]

Saatlı məscidində Molla Pənah Vaqif tərəfindən mədrəsənin əsası qoyulmuşdur. Sovet dövründə quraşdırılmış xatirə lövhəsində aşağıdakılar yazılmışdır:

“Burada M. P. Vaqif 1759-cu ildə məktəb açmışdır və dərs demişdir”.
[Ç.Qacar. Köhnə Şuşa. 2007-ci il, səh. 127]
[K. M. Məmmədzadə. N.A. Sarkisov. Şuşa – Vaqifin məqbərəsi. 1986-cı il, səh. 18-19;23]

Saatlı məscidi digər məhəllə məscidlərini öz daxili bəzəkləri, vitrajları və ağac üzərində oymaları ilə üstələyir. Məscidin zalının divar naxışları Azərbaycan rəssamı Mir Möhsün Nəvvab tərəfindən yerinə yetirilmişdir.
[Ç.Qacar. Köhnə Şuşa. 2007-ci il, səh. 127;246]

Avalovun “Şuşa şəhərinin memarlıq üslubu və onun tarixi simasının qorunması problemləri” adlı kitabında 1977-ci ildə məscid aşağıdakı qaydada təsvir olunur:

“Məscidin daxilinin bəzəklərində yapma ornamentlərdən daha bol şəkildə istifadə olunmuşdur. Şuşanın digər məhəllə məscidlərinin damlarında azançı (müsəlmanları dua etməyə – azana çağıran məscidin işçisi və ya məscidə ziyarətə gələnlərdən biri) üçün kiçik köşklərin quraşdırıldığı halda, Saatlı məscidi kərpicdən düzəldilmiş cəlbedici naxışlı minarə ilə bəzədilmişdir. Saatlı məscidinin minarəsinin ornamenti Qarabağ xovsuz Zili xalçasının ornamentinə uyğundur. Bu minarə Şuşanın ümumi məscidlərinin minarələrindən fərqli olaraq, onun sonradan tikilisi olduğundan məscidin həcminə bitişikdir. Saatlı minarəsinə giriş təcrid olunmuş, həyət tərəfdəndir. Bazar başı meydanından effektli görünən Saatlı məscidinin yumru minarəsi ona bitişik ticarət küçəsinin ansamblını tamamlayaraq özünün təsirli rəngli şaquli quruluşu ilə özünəməxsus kompozisiya silueti yaradırdı”.
[E. Avalov. Şuşa şəhərinin memarlığı və onun tarixi simasının qorunması problemləri. 1977-ci il, səh. 77;80]

Azərbaycanlı alim Çingiz Qacarın sözlərinə görə, 1910-cu ildə memar Səfixan Qarabaği məscidin təmiri zamanı onun minarəsindən yıxılaraq sonralar aldığı yaralardan dünyasını dəyişmişdir.
[Ç.Qacar. Köhnə Şuşa. 2007-ci il, səh. 252]

Şuşa şəhərinin erməni silahlı birləşmələri tərəfindən işğal edilməsindən sonra 1992-ci ilin mayında məscid dağıntılara məruz qalmışdır.