La mosquée a été construite par l’architecte azerbaïdjanais Kerbalaï Sefi-khan Karabagui en 1889-1890.

L’inscription en pierre en langue arabe placée au-dessus de la porte d’entrée de la mosquée le confirme:
« L’œuvre de l’Architecte Kerbalaï Sefi-khan Karabagui de 1307 » (=1889-1890). 

Aussi dans les dômes ronds de la mosquée il y a l’inscription suivante:
« Ô Allah! Muhammad! Ô Abu Bakr! Omar!, Osman, Ô Ali !, Al-Hasan, Al-Hussein ».
[Karabakh: histoire dans le contexte du conflit\\ Machadi Khanoum Neymatova. Monuments épigraphiques du Karabakh. 2014, pp. 139; 164]
[R. Karabagly. Architecte Kerbalaï Sefi-khan Karabagui. 1995, p.40]

Selon le vieux routier local Nariman Mechadi Fatoulla oglou Kouliyev, la mosquée a été construite sur l’ordre de Hadji Alakbar bek.
« Hadji Alakbar bey a travaillé à divers postes de responsabilité dans la province de Bakou.  Dans les dernières années de sa vie, il est retourné dans sa ville natale de Karabulak (aujourd’hui Fizuli). La vue pauvre et morne de sa patrie lui remplissait le cœur de compassion. Ainsi, Hadji Alekper Bey a décidé de consacrer le reste de sa vie à l’amélioration de cette ville. Quelque temps plus tard, il a invité des artisans d’Iran et les constructeurs d’une mosquée de la forteresse de Choucha… 

…Ainsi, Hadji Alakbar bey a chargé des artisans iraniens de construire le kahriz, et des artisans de Choucha de construire la mosquée, les bains et le moulin ». Enfin, Kouliyev souligne que l’architecte Sefi-khan Karabagui de Kerbalai a dirigé un groupe de maîtres pour construire une maison de bain, un moulin et une mosquée.
[R. Karabagly. Architecte Kerbalaï Sefi-khan Karabagui. 1995, pp. 40-41]

Contrairement à la mosquée, les bains publics, le moulin et le kahriz n’ont pas survécu à ce jour. On dit que Hadji Alekbar a tiré une fois en l’air depuis le balcon de sa maison pour que la construction des trois bâtiments et du kahriz commence simultanément. Dans le livre « Architecte Kerbalaï Sefi-khan Karabagui » de 1995, il est noté que cela a été possible car leurs sites de construction étaient très proches les uns des autres.
[R. Karabagly. Monuments architecturaux du district de Fizouli. 2017, p. 34]  
[R. Karabagly. Architecte Kerbalaï Sefi-khan Karabagui. 1995, pp. 40-41]

Dans le livre de l’historien azerbaïdjanais Enver Tchingizogly « Juristes du Karabakh » (1822-1920), il est mentionné qu’un fonctionnaire, adjudant de la 2e distance de Bakou, secrétaire provincial Hadji Alakbar Nasirbekov (né en 1857) a construit un moulin, une mosquée, un club et un kahriz dans le village de Karaboulag. Il est probable qu’il s’agisse d’une seule et même personne, à savoir Hadji Alakbar.
[E. Tchingizoglou. Juristes du Karabakh (1822-1920), 2012, p. 147]

L’architecte azerbaïdjanais Fatoullayev a souligné que la salle de prière de la mosquée était de plan carré, tandis qu’un autre architecte azerbaïdjanais, Rizvan Karabagly, a noté que la structure de la mosquée elle-même était conçue comme un carré. Karabagly a ajouté que la mosquée avait surtout conservé le contenu idéologique des mosquées d’Agdam et de Choucha. Fatoullaev a souligné que la mosquée « suit le même schéma de conception des solutions architecturales, répète les mêmes principes qui ont été réalisés par l’architecte (Karabagly) dans les grandes mosquées urbaines et de quartier du Karabakh. »
[Ch. S. Fatoullayev. Urbanisme et architecture de l’Azerbaïdjan du XIXe – début du XXe siècle. 1986, p. 270]
[R. Karabagly. Architecte Kerbalaï Sefi-khan Karabagui. 1995, p. 39]

La mosquée a un plan asymétrique en raison du placement de l’entrée sur le côté droit, dans la profondeur du portail avec un arc en lancette. Cela est dû à la galerie vitrée du deuxième étage destinée aux femmes et à l’agrandissement de la buanderie au rez-de-chaussée. 
En plaçant quatre colonnes octogonales dans la salle de prière de la mosquée, l’architecte a divisé sa salle en trois nefs. Fatoullaev a noté que la division en trois nefs de la salle de prière était également présente dans les mosquées d’Agdam et de Choucha. La salle de prière de la mosquée est fermée par neuf dômes pointus. Les voûtes ogivales, qui complètent les cols de la salle, forment avec les dômes une harmonie.
[R. Karabagly. Architecte Kerbalaï Sefi-khan Karabagui. 1995, p. 39-40]
[Ch. S. Fatoullayev. Urbanisme et architecture de l’Azerbaïdjan du XIXe – début du XXe siècle. 1986, p. 270]

À l’intérieur de la mosquée, l’architecte n’a autorisé l’utilisation d’aucun élément décoratif. Toutefois, dans le journal « Littérature et art » de 1984, il a été noté que des images d’oiseaux (probablement des colombes grises) ont été utilisées dans la décoration des murs de la mosquée.
[R. Karabagly. Architecte Kerbalaï Sefi-khan Karabagui. 1995, p. 39-40]
[Journal « Littérature et art ». 21.12.1984, №51 (2134) p. 8]

La galerie vitrée sépare complètement la route de l’entrée principale, accessible par une porte qui s’ouvre depuis le mur extérieur du coin où se croisent la façade principale et le mur du côté gauche. La simplicité de la construction en pierre de la salle de prière et le mihrab légèrement décoré avec un léger relief donnent fraîcheur et liberté à la solution spatiale interne de la mosquée. Le portail voûté, vaguement visible sur le fond du mur blanc de la mosquée, ressemble à l’entrée de la mosquée d’Agdam.
[R. Karabagly, Architecte Kerbalaï Sefi-khan Karabagui. 1995, p. 39-40]

La mosquée n’a pas de minarets, le journal « Littérature et culture » de 1984 indique que la mosquée avait des minarets jumelés, mais dans une période de temps inconnue ils ont été détruits.
[R. Karabagly. Architecte Kerbalaï Sefi-khan Karabagui. 1995, p. 39]
[Journal « Littérature et art ». 21.12.1984, №51 (2134) p. 8]

La mosquée Hadji Alakbar a été réparée à plusieurs reprises de manière non organisée avec l’aide de résidents et de constructeurs locaux, ce qui a permis de moderniser son toit et de déformer la vue générale de la piscine construite devant elle.
Le journal « Littérature et art », dans son édition de 1984, s’exprime à ce sujet comme suit:
« Les travaux de restauration à l’intérieur de la mosquée ont entraîné la perte de son aspect ancien. La grandeur des plafonds de la mosquée et les anciens ornements muraux ne sont plus visibles.  Le sol et le plafond en bois, réalisés plus tard, perturbent l’ensemble intérieur du monument. »
Cependant, malgré ce qui précède, les éléments architecturaux de la tradition Safikhan ont été préservés dans la mosquée Hadji Alakbar.
[R. Karabagly. Architecte Kerbalaï Sefi-khan Karabagui. 1995, p. 39]
[Journal « Littérature et art ». 21.12.1984, №51 (2134) p. 8]

Il y a l’histoire suivante liée à la construction devant la mosquée de la piscine susmentionnée. Selon les souvenirs d’un vieux résident, Nariman Mechadi Fatoulla oglou Kouliyev, « la construction commencé par Hadji Alakbar bey, porte atteinte à la fierté de l’un des beys influents du Karabakh, Djamal bey Vazirov (il était également un parent de Hadji Alakbar bey).  En entendant cela, Hadji Alakbar bey, pour ne pas l’offenser, lui confie les frais de construction d’une piscine devant la mosquée. Ces travaux ne nécessitaient pas vraiment beaucoup d’argent. Cependant, pour une cause caritative, Djamal bey accepte de construire une piscine devant la mosquée et admire la prévoyance, ainsi que la haute culture d’Alakbar bey. »
Selon Nariman Kouliev, le nom de Djamal bey était également inscrit sur le bassin (cependant, il a également été perdu lors de la restauration).
[R. Karabagly. Architecte Kerbalaï Sefi-khan Karabagui. 1995, p.41]

Selon Chamil Fatoullayev, la mosquée de Hadji Alakbar est l’une des dernières œuvres architecturales connues de l’architecte azerbaïdjanais Kerbalaï Sefi-khan Karabagui. Cependant, Rizvan Karabagly note que cette mosquée est l’une des premières œuvres de Kerbalaï Sefi-khan Karabagui.
[Ch. S. Fatoullayev. Urbanisme et architecture de l’Azerbaïdjan du 19ème – début du 20ème siècle. 1986, p. 270]
[R. Karabagly. Architecte Kerbalaï Sefi-khan Karabagui. 1995, p. 39]

En 1984, pendant la période soviétique, le bâtiment de la mosquée abritait la Maison de la poésie du mugham.
[Journal “Littérature et art ». 21.12.1984, №51 (2134) p. 8]

Avec l’occupation de Fizouli par des formations armées arméniennes, en 1993, la mosquée a été détruite.